Les différences d'absorption des structures des cellules ou des micro-organismes ne sont souvent pas sufisamment différentes pour permettre une observation contrastée. La coloration du spécimen, technique à laquelle on peut avoir recours pour augmenter le contraste, a le gros inconvénient de tuer la cellule comme dans l'exemple de la figure 10.
A gauche on distingue des fibres musculaires au centre de la photographie une veine avec une paroi coloré en bleu moins épaisse que pour l'artère située sur sa doite.
La technique du contraste de phase permet de remédier à cet inconvénient et autorise l'observation de cellules vivantes. Son avantage par rapport à d'autres techniques est son insensibilité à la polarisation et à la biréfringence.
Sur la figure 11, l'observation est faite en fond clair, on devine à peine la limite de la cellule située au centre de la moitié supérieure de la photographie. Par contre en contraste de phase la cellule est facilement repérée avec son noyau. Un inconvénient lié à cette technique est la présence d'un halo blanc sur le pourtour des cellules. Il devient alors difficile de discerner précisément le bord de la cellule.
On peut aussi mettre en évidence des défauts qui se produisent lors de la transformation de matières plastiques amorphes comme le polystyrène modifié lors des moulages par injection quand les températures du moule et de la matière plastique ne sont pas correctes ou que la pression d'injection a évoluée.