Un système à transfert de bloc (« Frame Transfer ») consiste en deux matrices (X colonnes x Ylignes) quasi identiques, l'une dévouée aux pixels image et l'autre au stockage.
Les cellules de stockage sont structurellement identiques aux cellules sensibles mais sont recouvertes par un blindage optique métallique pour éviter toute exposition à la lumière. Après le cycle d'intégration, la charge est transférée rapidement des cellules sensibles aux cellules de stockage. Le temps de transfert vers la partie blindée dépend de la taille de la matrice mais est typiquement inférieur à 500 µs. Le smear est limité par le temps pris pour transférer l'image vers la zone de stockage. Tout ceci requiert bien moins de temps qu'un système à transfert de bloc complet (FFT).
Comme la taille du CCD est double, il est plus complexe qu'un simple système à bloc complet. La matrice doit avoir quelques puits de charge factices entre la partie sensible et la partie stockage. Ces puits collectent toute fuite anticipée de lumière. Certaines matrices peuvent même parfois fonctionner en mode « full frame » (X x 2Y) ou en mode « frame transfer » (X x Y). Dans ce cas, c'est l'utilisateur qui doit construire le blindage pour le mode « frame transfer ».